Philippe d’Alsace et son épouse Elisabeth de Crépy, décident de sa construction au XIIe siècle « hors les remparts de la ville » . Elle est dédiée à saint Thomas de Canterbury, Thomas Becket, qui avait été accueilli par Philippe d’Alsace lorsqu’il avait été contraint de s’exiler en France. Assassiné dans sa cathédrale de Canterbury, il fut canonisé 3 ans après sa mort.
Un chapitre de chanoines est créé, ainsi qu’un hôpital. En 1245 Philippe Auguste cède cette collégiale à l’évêque de Senlis et une chapelle ( Saint Etienne) sert alors de paroisse aux habitants de ce faubourg de Crépy. Etant construite hors-les-murs la Collégiale servira d’observatoire, notamment lors de la guerre de Cent Ans . L’église est restaurée vers 1470, la flèche aurait été construite entre 1470 et 1520. L’édifice comprenait une grande nef, voutée en ogives, avec des collatéraux et un triforium. Dans le collatéral droit se trouvait l’autel paroissial de saint Etienne. Un jubé est édifié dans la nef vers 1675. Après la suppression des cultes en 1793, St Thomas sert aux fêtes publiques. Elle est vouée à la démolition après qu’une partie des voûtes se soient effondrées du fait de l’infiltration d’eaux pluviales en 1799. Monsieur Delahante, ancien maire de Crépy en Valois, va racheter les ruines et les donne à la ville en 1813.
En juin 2019 un nouvel effondrement des voûtes est survenu.
LA commune et l'état ont fait débuter une phase de travaux pour sauvegarder ce monument emblématique de la vills.
